现代农田水利工程的建设在我国水资源调度及发电等方面的应用非常重要。从农田水利工程运行管理的内容及重要性进行分析，研究了当下我国农田水利工程运行管理与水资源持续利用的现状，并提出了农田灌溉中农田水利工程运行管理与水资源持续利用的优化策略和路径，包括增强农田水利工程运行管理意识、加大水资源的节约管理力度、建立有效的水资源监管机制等，以及执行保护粮食安全水资源可持续发展战略、执行保护自然环境可持续循环的用水策略、执行农田水利工程水费计收机制与划分收益机制、执行水利工程运行管理必要的管理与养护工作等。