目的：探讨飞行检查在新生儿病房院内感染防控中的应用效果。方法：根据飞行检查实施前后将2020年1—6月分为实施前，2020年7—12月分为实施后。实施前纳入新生儿732例，实施后纳入新生儿736例。在实施飞行检查6个月后，比较实施前后患儿感染发生率，并对比实施前后医务人员相关合格率。结果：实施飞行检查后，新生儿感染发生率低于实施飞行检查前，组间比较，差异具有统计学意义（P＜0.05）。实施飞行检查后，医务人员相关的环境卫生合格率、保洁荧光清除率、手卫生依从率、手卫生正确率、手卫生知识知晓率、院内感染知识知晓率均高于实施飞行检查前，组间比较，差异具有统计学意义（P＜0.05）。结论：在新生儿病房院内感染防控中采用飞行检查方案能够降低院内感染发生率，有效提高感染防控工作的质量，对降低院内感染风险有显著意义，值得推广。