【目的】利用18SrRNA高通量测序技术,研究健康与腹泻犊牛的粪便真菌差异.【方法】利用18SrRNA高通量测序技术对10份腹泻和10份健康犊牛的粪便样本测序分析.【结果】Alpha多样性分析表明腹泻组与健康组两组间物种丰富度与多样性无显著差异(P>0.05).在门的水平上,与健康组比腹泻犊牛粪便中新丽鞭毛菌门相对丰度显著降低,而担子菌门和芽枝霉门显著升高(P<0.05).在属的分类水平上,相较于健康犊牛组,腹泻组中酵母属(Saccharomyces)、盲囊菌属和小脆柄菇属(Psathyrella)相对丰度明显降低,而弯孢属(Curvularia)、赤霉菌属(Gibberella)和耐干霉菌属(Xeromyces)丰度显著升高(P<0.05).【结论】健康与腹泻犊牛真菌间在多个水平存在显著差异,这可能是导致腹泻的直接原因,这也为犊牛腹泻的预防与治疗奠定了基础.