国库集中支付制度的确立实施不仅能够有效避免事业单位开设多个户头引起的资金分散、不易调控等问题,还能确保事业单位储备的资金得到合理利用。本文简要概述了国库集中支付制度含义及其在县级行政事业单位中的运行机制,并提出了当前的会计运行机制存在财务预算工作效率及质量有待提高、预算单位内部控制有待完善及财务会计信息有待整合等问题。为了确保国库集中支付制度得以顺利应用实施,县级行政事业单位需要优化国库集中支付流程、完善预算单位内部控制工作、整合统一财务会计核算软件,以此提高会计核算工作质量。