现阶段,随着经济水平的快速提升以及社会的不断进步,事业单位在新财务会计制度的实施和影响下取得了良好的运营效果。为了尽快落实政府所提出的发展新制度和要求,事业单位需要对目前已有职能展开合理转变,并对管理模式进行有效改革和创新,提高自身的公信力。事业单位在改革工作中必须要提高对财务审计工作的重视程度,深入地对内控制度展开一定的优化和改进,从而在降低单位运营开支的同时,起到提高资金利用效率的作用。本文主要对新财务会计制度下事业单位财务审计工作进行了研究和论述,并针对审计过程中存在的各项问题提出了合理的解决措施,以促进事业单位财务审计工作不断朝着规范化与合理化的方向发展,确保事业单位的运营效率。