自《政府会计制度》在高校施行以来,高校成本核算模式发生了改变,并且由此具备了理论基础和制度保障。但由于政府会计制度在高校成本核算工作中的实行时间较短,到目前为止还未形成一套完善的高校成本核算工作制度与体系。本文从成本核算制度建设、成本核算意识、财务风险管理机制、成本核算信息系统等四个方面说明了高校成本核算中存在的问题,然后基于政府会计制度提出了对应问题的解决对策,希望由此推动政府会计制度下高校成本核算的健康发展。