高新技术企业具有知识密集、技术密集等特点,是惠州市科技创新发展的基石,因此其R&D效率尤为重要。在考虑时滞的基础上构建R&D效率指标评价体系,应用DEA方法从有效性、效率、规模收益以及投影分析四方面对2015—2016年105家高新技术企业的科技创新活动进行测度分析。研究表明:惠州市高新技术企业的R&D效率处于较低的水平,大多数企业为DEA无效,形势不容乐观;规模大的企业R&D效率较高;高新技术企业区域发展不平衡,造成区域差异的原因是创新环境因素和区域歧视;五大行业的综合效率普遍偏低,究其原因是纯技术效率较低。