在我国企业发展的过程中,科技创新的重要性也在不断提升,同时也成为我国很多企业战略发展的关键部分。国家为进一步深化管理改革、激发创新活力,科技部发展改革委财政部等先后下发多项通知举措。在新措施下对企业科技专项资金核算与管理有着积极与深远的影响。本文先阐述了企业科技专项资金管理的基本现状,然后从构建完善的专项资金核算与管理制度、切实赋予各个科研人员更大技术路线决策权、凸显各个科研人员的创新能力、积极进行科研项目预算与验收等环节的管理四个方面,浅谈了深化管理改革、激发创新活力新措施下对企业科技专项资金核算与管理的思考。