在强调以创新带动经济高质量发展的政策背景下，知识产权保护显得尤为重要。惩罚性赔偿是行政监管与司法治理知识产权侵权行为的制度性设计，其核心是通过大幅度提高违法行为的经济成本来保护知识产权。在市场化改革导向下，自负盈亏的企业作为市场主体，与之相关的知识产权损害的惩罚性赔偿既要发挥保护功能，也要防止滥用该制度而使其他企业陷入专利丛林等陷阱之中。企业作为知识产权的权益人，追求利润最大化的动机使之竭力去追究侵犯其知识产权的行为，甚至想通过惩罚性赔偿来获得与知识产权相关的巨额收入，司法治理作为知识产权保护的最后屏障，所面临的主要困境是难以确定赔偿数额以及难以拿捏惩罚性赔偿的幅度。在学术专著版权保护这一特例中，司法治理面临的主要困境却是权益人没有动机去追诉版权侵犯行为的经济责任，也就遑论惩罚性赔偿。因此，在不同的知识产权保护领域，如何充分发挥包含惩罚性赔偿制度在内的司法治理效力，需要针对具体情况做出具体分析，其中知识产权权益人动机异质性是重要的影响因素。