经济责任审计是针对被审计单位主要领导干部人员经济责任履行情况进行审计监督及评价的一种审计类型。在我国当前的经济形势下,行政事业单位在经济行政管理中发挥了重要的作用,运用经济责任审计对行政事业单位领导干部人员各项经济及行政行为进行审计及评价,具有极其重要的意义。与此同时,经济责任审计过程中也必须做好相关风险的防范,既要保证对责任人作出正确的评价,又要避免审计过程中不确定性的因素影响审计结果的准确性及公正性。据此,文章针对行政事业单位经济责任审计的风险进行讨论,并提出相应的防控措施。