“9·11”事件后，网络恐怖主义已成为恐怖主义的新发展趋势，为应对这一威胁，美国逐渐构建起防御与打击网络恐怖主义的完整体系，但并未对网络恐怖主义形成有效抑制。信息技术层面所带来的深远影响，美国国家安全战略中反恐战略缺位，美国在反恐战争中的“双重标准”，全球化的负面影响以及国际反恐合作机制缺陷等都是造成当前美国网络反恐困境的重要原因。提升国家战略对网络恐怖主义治理的关注，促进国家间反恐合作，调整国家间反恐机制转型是未来美国网络恐怖主义治理摆脱困境的重要途径。