从系统论来看，元宇宙与思想政治教育都是开放的复杂巨系统，元宇宙属于开放复杂的信息技术丛协同系统，思想政治教育是开放复杂的思想认知调适系统。高校思想政治教育与元宇宙的融合是新时代高校思想政治教育创新发展的必然趋势和有效推力，当前推进元宇宙与高校思想政治教育的融合实践面临着思维、技术和伦理等的现实问题。系统思维立足于要素耦合，其目的性、协同性和开放性原则不仅能统筹同一系统内部要素的协同整合形成整体合力，也能协调不同系统内外要素的开放融合达到平衡有序，推进系统的协同增效和有效融合。立足系统思维，元宇宙与高校思想政治教育的融合需要坚持目的导向，以提升获得感为目的，找准技术融合定位；树立协同思维，加强要素有效联通，营造全域协同的环境；遵循开放原则，突破传统思维局限，建设多元化人才队伍，从而真正实现科技发展与技术育人的协同推进。