随着全球科技创新中心的兴起，促成了全球创新网络的形成，加速了全球创新活动的开展和交流。科技创新中心城市的网络结构为科技创新中心城市的知识溢出效应提供了载体，城市网络结构的复杂性可以影响城市知识溢出效应的方式和知识创新效率，对科技创新中心城市的网络结构特征和溢出效应进行研究成为当下社会和学界关注的热点问题。运用复杂网络分析方法对科技创新中心城市的网络结构进行测度；利用GEODA软件对科技创新中心城市进行空间自相关检验，分析科技创新中心城市网络结构与溢出效应的关系。研究发现，科技创新中心城市网络结构的整体特征和个体特征存在差异；深圳形成条形“知识溢出带”；科技创新中心城市网络结构和溢出效应的影响因素各异；科技创新中心城市网络结构与溢出效应存在显著的相关性。因此，要全面认识科技创新中心城市网络并依据其发展特点优化创新发展方式；完善网络结构，提升节点区域在网络中的角色定位、加强一体化建设；优化科学研究和技术服务人才对知识创新的贡献；加强城市创新体系的基础设施建设。