国内生态环境保护领域PPP项目运营与监管中存在着顶层设计缺陷，政府对社会资本监管混乱、职责不清、手段缺乏，对自身的监管乏力，缺乏社会监督等问题，其成因复杂。设立专门监管机构，完善法律法规体系，推广履约保函，建立信用管理制度，完善公众监督机制，建立项目全程监管指标体系等措施，创新、构建生态环境保护领域PPP项目的全生命周期监管体系，可有效解决这些问题，保障生态环境保护类PPP项目持续、稳定、健康发展。