针对目前小农水存在的自觉管护意识不足、缺乏运行资金、责任不明确、管理不科学和运作不规范等问题，从缺乏行之有效的运行机制、重建轻管、缺乏资金、管理制度与组织不健全、监督机制缺失的角度探讨了其形成原因。根据小农水可持续发展的内涵与特征，从政府监管、资金保障、工程管理体制、农民自主管理和政府引导扶持等方面提出可持续发展的运行机制。