在公立医院发展的过程中，科学有效的预算绩效管理体系，能够为内部控制提供根本保障，因此本文以公立医院的预算绩效管理作为切入点，综合其中存在的问题进行针对性的探讨。要想打造科学有效的预算绩效管理体系，就必须解决管理意识、岗位职责以及编制方法等方面存在的问题，落实好预算执行的控制，同时也要提升监督管理质量。可以善用信息技术以及现代化的管理理论，综合典型案例进行经验总结和分析，这样才可以提升公立医院发展质量。