近年来，随着临床创新科研经费投入的不断增加，预算改革的不断实施，临床创新科研项目经费管理制度的改革也在不断加深。目前的“放管服”和“三评”改革，要求大力推进科研项目资金管理，形成充满活力的科研管理和运行机制，有必要进一步改革项目经费管理方式，在预算评估工作思路上有所创新和突破。本研究在总结临床创新科研项目经费预算评估管理相关经验的基础上，对S市临床创新科研项目经费预算评估管理现状进行了分析，结合目前国家和市科研项目经费管理改革的要求，提出新形势下预算评估管理方法新的探索，尝试构建一套以绩效管理为理念、以科研诚信为基础、以简政放权为手段、以法人责任为保障的科研项目预算评估管理机制，探索临床创新科研项目预算评估模型以及完善优化科研项目预算评估管理的相关建议。