高校预算绩效管理研究的思路有二：一是设计并实践适合某一高校预算绩效管理的科学模式，二是基于预算绩效管理的共性，探讨并解决适合所有高校提升自身预算绩效管理水平的重点问题。基于后者，在此总结了高校预算绩效管理所应关注和解决的问题。具体包括：预算绩效管理人才队伍的建设、丰富绩效管理的理论知识、确认预算绩效管理的评价对象、构建高校预算绩效管理评价指标体系、确保评价结果的应用。