随着我国农业现代化的发展，新型农业经营主体已经成为推动农业现代化的主力军，由于其规模化经营的程度稳步提高，对生产和辅助性设施农用地使用提出了新要求。文章从耕地红线、生态红线、粮食安全底线角度，分析新型农业经营主体的设施农用地在政策执行中出现的问题。采用文献分析法、田野调查法，以安徽省H区新型农业经营主体为调查对象，对其设施农用地政策执行中出现的问题进行分析。结果发现，设施农用地在实践应用中存在用地供需不平衡、布局零散、标准不清晰和监管缺位等问题。针对问题提出相关建议和对策，包括统筹引导、进行差别化管理、做好用地监督、拓展协同合作等，从而在遵循有关制度的前提下，有效保障新型农业经营主体的农业管理需求，提升其经营能力。