自2015年10月《关于引导部分地方普通本科高校向应用型转变的指导意见》出台后，地方本科高校开始注重建立与行业企业合作发展的平台，但目前校企合作的水平较低，正处于从增强合作意识、建立合作机制升级到提升合作质量的阶段。针对校企深度合作这一课题，文章主要从引入社会智力、提升社会服务水平、建立校企合作监管部门等方面进行分析研究，提出以项目管理的方式引入社会智力，以基础理论课程+兼职导师专业课程的模式走差异化专业发展之路，以实践经验促进学科专业的发展。同时，组建校企项目研发团队，服务行业企业，反哺学术科研；成立校企合作监管部门，通过建立评价标准、评价制度和评价程序，加强对校企合作项目的监督管理，促进校企合作质量的提升，为地方普通本科院校进行校企深度合作、提升应用型人才培养质量提供理论依据和实践方法。