习近平生态文明思想在当前我国社会治理体系和治理能力现代化的过程中具有极强的现实指导意义，而从“整体性治理”出发正是这一思想的基本治道变革逻辑之一。习近平生态文明思想的科学内涵可以从“生态正义”导向的命运共同体关怀、“以人民为中心”导向的价值支点、“绿色发展方式和绿色生活方式”导向的生态实践逻辑三个方面进行认识。习近平生态文明思想的整体性治理治道变革逻辑主要有五个方面，即在治理网络维度上寻求网络化的生态文明治理组织；在无缝隙治理维度上尝试建立基于生态系统的治理协调机制；在“合作型制度”进化中走向整合与合作的制度体系；从国际合作角度尝试人类命运共同体的建设；在共同主体性哲学角度上实施生态正义的哲学关怀。