科研经费“包干制”是通过简化预算管理，赋予科研人员更大经费自主权，以激发科研创新的重要管理制度改革。考察科研经费“包干制”实施的历史背景、形成的历史演进、界定的概念与现状，梳理科研经费“包干制”的历史逻辑。目前，普遍实施的科研经费预算制带来了科研经费报销繁琐、负责人经费使用权限降低、放管服政策难落地等一系列问题。科研经费“包干制”的实施不但可以化解以上问题，还是顺应创新驱动发展战略，适应各类型新项目，激发科研积极性的最佳选择。在科研经费“包干制”的改革过程中，应该建立健全管理制度、完善“负面清单”机制、打造信息化服务体系、创新监管方式，从而实现激发科研人员创新活力、提高科研经费使用效率的目标。