树木腐烂病是造成大量树木死亡的重要原因，鉴定病原菌的种类是防治树木腐烂病的前提条件。本研究对一种内蒙古树木腐烂病的病原菌（CFSZ23606）的LSU与ITS基因序列进行PCR扩增并测序，运用NCBI网站的Blastn工具分别对其进行序列比对并通过MEGA-X软件构建系统发育树。分子鉴定结果显示此种病原菌为普尔曼隐球壳Cryptosphaeriapullmanensis，与形态学鉴定结果相吻合，从而为内蒙古树木腐烂病病原菌的鉴定与防治奠定了基础。