小水电建设带来较大经济效益和社会效益，但也给河流水生态环境带来不利影响，例如在河流水能梯级开发规划过程中，因过度强调水能开发效益而忽视水生态环境问题，导致河流基本采取引水式电站或混合式电站，人为修筑一道道生态屏障，致使厂坝间河段断流，造成河流上下游生态环境遭到严重破坏。通过河道的疏通从而缝合破碎的水网结构，恢复生物多样性。