正当程序、权利制约权力、人权保障等程序理念和价值目标要求鉴定人制度与专家辅助人制度应实现二元平衡。反观我国刑事诉讼制度中的鉴定人制度和专家辅助人制度，因鉴定人和专家辅助人诉讼地位失衡、鉴定意见和专家辅助人意见证据效力失衡、鉴定人制度与专家辅助人制度启动难易失衡、鉴定人与专家辅助人对抗手段失衡及聘请专家辅助人聘用能力和成本失衡等问题，导致两大制度失衡。为保障被追诉人权利，实现刑事诉讼过程和结果正义，需确立专家辅助人独立的诉讼地位、赋予专家辅助人意见与鉴定人意见同等证据效力、明确专家辅助人制度的启动条件、增加专家辅助人的庭审对抗手段以及建立专家辅助人援助制度。