在国库集中支付制度下,高校的预算资金需要纳入国库一体化系统进行管理,让各项资金都能在财政的监督和管理下使用,保证资金使用的规范化;集中支付制度对高校的财务管理能力也有很高的要求,但目前高校的财务管理工作还有许多不足之处。基于此,文章阐述了国库集中支付制度的重要性,对影响该制度实施发展的因素进行分析,探讨国库集中支付制度下高校财务运行管理存在的问题,提出国库集中制度下高校提高财务管理能力的措施。