近年来,政府财政科研经费投入逐年增加,事业单位管控的专项资金规模越来越大,给事业单位科研项目经费管理带来了新机会,更是新挑战。当前,科研项目经费管理存在一定问题,尤其是经费预算执行率偏低的问题,严重影响了财政资金经济效益和社会效益的发挥。文章重点围绕科研人员执行经费过程中的难点,对科研项目经费预算的编制和实际脱钩、内控制度与实际需求脱节、绩效考核制度不完善等问题进行了分析,提出了相应的优化思路,对缓解事业单位财政科研经费预算执行率偏低等问题提供借鉴和思考。