全面预算绩效管理是十四五期间科研院所适应科技计划管理体制改革,提升管理效率、优化结构的重要抓手。本文从绩效管理环境、制度保障、绩效目标、绩效执行监控、绩效评价及结果应用等方面辨析了科研院所全面预算绩效管理的实施困境。并提出通过优化外在环境;健全内控管理制度,完善单位绩效评价方案;建立科学化、合理化、可操作化的项目绩效指标库;丰富绩效执行监控;以及确保预算绩效评价结果应用化等应对策略,改变科研院所以往重投入、轻产出,重分配、轻管理,重过程、轻结果的传统的会计核算思维模式,向着注重资金使用效益的管理型财务转变。