日俄战争后，清政府在东北地区主动开放一些商埠，自主管理并设立海关，其中即包括瑷珲海关。1909年7月14日，哈尔滨海关税务司署草拟的《瑷珲分关暂行试办章程》对外公布，8月17日，瑷珲海关正式运行。瑷珲海关经历了由哈尔滨海关分关到独立正关的发展过程，先后设立了梁家屯、卧牛河和小黑河等分卡。从瑷珲海关实际业务范围来看，主要包括征收关税、货运监管、缉查走私、贸易统计和检验检疫等业务活动。瑷珲海关的组织机构、人事管理和各项关务，既有近代中国海关的一般共性，又有显著的地域性特征。