根据财会〔2017〕25号文件规定,医院将采用新制度核算医保收入.但在新制度规定下,财务会计与预算会计的核算机制不同,医保核算方式也存在差异,导致医保核算数据存在一定差异.因此,医院在加强自身核算基础建设时,需提高对财务核算工作的关注度,分析产生医保数据差异的原因,逐项解决.文章将我国医院医保收入核算作为研究方向,在落实政府会计制度的背景下,分析医保收入产生数据差异成因,进而给出对患者进行分类核算、加强资金数据保管工作、按当期财务情况进行资金处理、加强医保中心沟通,以及建立医院内部反馈机制五方面建议.向医院医保收入核算工作提供一种研究思路与借鉴方法,并对新一轮医院改革提供另一种具有参考价值的建议.