近些年,国家对事业单位的发展越来越重视,帮助事业单位发展的政策也逐渐增多,各事业单位的管理工作,也逐渐到了新的发展阶段。内部控制管理是近些年新提出的管理方式,虽然很多事业单位已经开始通过内部控制的方式进行自我管理,但是由于发展时间较短,还没有形成自己的规模。在内部控制管理中,预算绩效管理是其中新兴的一个管理制度,将单位的预算管理和绩效管理进行结合,从方方面面都进行控制,全方位提高单位预算管理效果。但是由于我国事业单位的预算绩效管理工作进行时间并不长,导致在工作过程中出现了很多问题,本文主要基于现在事业单位全面预算绩效管理的发展现状对其中存在的问题进行简单的分析,希望能够帮助事业单位进一步发展。