目的探讨微创手术应用于马蹄型肛周脓肿临床治疗中的效果。方法以我院2018年3月—2019年3月期间收治的70例马蹄型肛周脓肿患者为研究对象,遵循随机双盲法的规则进行分组,对照组(35例)、观察组(35例);对照组临床应用一期根治术,观察组临床应用微创手术,比对两组患者的治疗有效率以及术后肛门功能评分、疼痛评分、愈合时间、瘢痕面积。结果观察组治疗有效率为97.14%,与对照组的94.29%进行比较,组间差异无统计学意义(P>0.05);但观察组术后肛门功能评分与疼痛评分低于对照组,愈合时间短于对照组,瘢痕面积小于对照组,即对应数据存在显著优势,差异有统计学意义(P<0.05)。结论微创手术应用于马蹄型肛周脓肿临床治疗中具有较为确切的效果,不仅可以改善患者的肛门功能,因创伤较小,可以加快创口愈合,瘢痕面积较小,疼痛感较弱,有利于患者实现早期康复,具备临床使用价值。