由于潮州供水枢纽库区两岸相当一部分地面高程低于枢纽正常蓄水位,当枢纽下闸蓄水后,随着库水位的不断上升,两岸浸没问题就凸显出来,为解决库区浸没问题,设计采取了前堵后排的工程处理措施,并在库区浸没范围内设置大量水位观测井(点),用来监测地下水位变化情况,经过近15年的监测成果分析来客观评价浸没处理方案的有效性,对其他类似工程也起到一定的借鉴作用。