中枢神经系统(CNS)感染性疾病是由各种病原微生物侵犯脑实质、血管及被膜引起的神经系统重症疾病,具有高病死率和致残率等特点。因病原微生物检测手段有限,极易延误诊断及治疗。宏基因组下一代测序(mNGS)基于大规模并行测序原理,利用多个DNA小片段平行测序来确定序列[1],可同时检测样本中全部病原微生物,对于CNS感染性疾病病原学诊断与鉴别诊断具有重要意义。