事业单位在实行了国库集中支付制后，实现了系统化运行，从而使各项管理内容更加完善，并且也能保证工作的开展更具针对性。但是，由于我国经济市场的发展，而事业单位在改革过程中却存在着一定的弊端，这就需要针对当前事业单位项目资金管理工作中所出现的问题进行分析，以此才能保证在匹配国库集中支付制度的同时，实现优化原有项目资金管理体系，并在各项工作中有效规避风险问题的存在。