产教融合是培养拔尖创新人才的重要抓手,产教的融合需要校企实现双赢从而进行深度合作。当前校企合作深度不够的根本原因在于具有经济人属性的合作双方收益成本存在为负的可能性,导致双方积极性不高。基于此,分析校企双方进行产学研深度合作中各自可能的收益和成本,从博弈论的视角出发,讨论在不同情况下双方如何做出合作选择,并给出突破校企深度合作困境的建议:完善相关制度改革,调动政府和公民融入校企合作、鼓励大学向创业型大学转型,将分类发展思想贯彻到底、把握校企双方特色及需求,增强产教融合双方契合度。