由于制度设计者的认识偏差、争取会党等力量参加革命的现实考虑及领导层重军事、重行政而轻党务的倾向,同盟会成立之初,在制度建设上,存在纪律处分规定阙如和通讯(沟通)机制缺失的严重缺陷,使得会员缺乏约束力,联系很薄弱,这是同盟会组织涣散、走向分裂的一个重要原因。