南海神庙考古发掘的11个地点中,发现了西汉南越国时期遗址、宋代建筑、清凝真观、清扶胥旧街以及明、清码头等重要遗址6处。神庙出土文物现主要由广州海事博物馆收藏,共有建筑构件、玉石、陶器、瓷器、钱币、金属等六大类1324件(套)。这些出土文物是神庙历代建设、修葺的见证及建筑形制、规模的再现,也是古代人民经久不息生活和历史起伏的直接反映及古代海上丝绸之路繁荣的生动写照,具有较高历史价值,值得全面整理、研究和利用。