近年来，随着社会经济水平的持续提高，行政事业单位在各行业和领域中的资源配置管理效率都获得了显著提升。一部分行政事业单位为了保证财务管理的整体效果，从自身内部控制的实际能力和下设部门的职能分布角度考虑，常采取代理记账的财务会计工作模式。然而，这种代理财务运营管理形式在实践应用中逐渐暴露出了一些问题与不足。本文将对当前阶段行政事业单位在代理记账模式下存在的问题展开分析，结合实际从单位内部的财务管理体系及内控手段出发给出具有可行性的改进和优化对策。希望以此促进代理记账模式的逐步完善，同时提高行政事业单位对于财务会计管理工作的规范性。