政府以何种方式、何种程度参与农村集体经营性建设用地入市增值收益分配是土地制度改革的重难点所在。本文基于对当前集体经营性建设用地入市增值收益分配体系的剖析,发现政府以土地调节金机制作为主要的收益分配模式存在法律定性模糊、法理逻辑不畅、法律体系混乱、多层级法规内容冲突等诸多法律问题,导致增值收益分配环节的法律依据不充分,实践操作冲突频繁。据此本文认为有必要建立一种独立的农村集体经营性建设用地入市增值收益税,既能够使得法理逻辑严谨,又能够解决当前困境,较大程度地实现集体经营性建设用地入市增值收益在国家、集体、个人三者间合理分配的改革目标。