在我国加快建设创新型国家和科技强国的战略背景下，面对财政投入增速放缓的局面，横向科研经费作为高校收入的主要来源之一，因较纵向经费管理相对粗放、体制机制不完善，经费使用中存在的问题越发凸显，在一定程度上制约了高校整体科研工作的发展。本文就高校横向科研经费管理现存问题进行了梳理和分析，并从统一思想、健全制度、业财融合、风险防控四个方面提出了对策。