地下水是微生物生存的重要场所,咸化作用对微生物多样性和周边环境产生一定的影响。为进一步研究地下咸水微生物群落的多样性特征奠定基础,基于高通量测序技术,研究珠江三角洲地区和莱州湾地区地下咸水区微生物的多样性。结果表明:莱州湾地区50余口民用井中70%的民用井受到海水入侵的影响,最高电导率为8390μS/cm,平均为2300μS/cm;不同盐度水体中高丰度的微生物类型存在差异,洲地下咸水区微生物群落丰度较高的门、纲和属分别是变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)及奇古菌门(Thaumarchaeota)等7个门,γ-变形菌纲和芽孢杆菌纲2个纲,微小杆菌属、假单胞菌属及不动杆菌属等8个属。两个地区地下水微生物群落结构有很大的相似性,主要类群均为变形菌门的γ-,β-和α-变菌纲的丰度比较高,珠江三角洲地下水体中以ε-、δ-变形菌纲丰度较高。一些微生物如交替单胞菌目等,可以作为潜在的海水入侵标志性物种。