目的运用整合转录组学方法筛选参与食管鳞状细胞癌(ESCC)发生发展的相关基因,并观察其临床意义。方法从GEO数据库中下载ESCC表达谱的原始文件,使用R软件中的affy包读取数据并归一化,Robustrankaggreg包对各表达谱整合,以|Log2(倍数变化)|≥1.5和矫正P0.05);不同N分期及临床分期的ESCC患者CDKN3蛋白表达比较,差异有统计学意义(P<0.05)。结论CDKN3在ESCC组织及癌旁组织中表达存在差异,其可能是ESCC的关键基因;另外,CDKN3的表达与患者N分期及临床分期有关,其可作为诊断ESCC的生物标志物。