目的：分析疾控中心微生物检测中应用平板分离技术与微滤膜分离技术的具体效果。方法：选取2020年12月至2021年12月疾控中心进行微生物检测的88例阳性标本作为本次研究的对象，通过随机分配的原则，分为两组，每组各44例标本。对照组采用平板分离技术检测，实验组采用微滤膜分离技术检测。比较两组阳性微生物标本的检测耗时、检测灵敏度、阳性检出率及检测期间的污染率。结果：实验组标本的检测耗时更短、检测灵敏度更高，阳性检出率及检测期间的污染率亦明显优于对照组，以上项目比较，差异均具有统计学意义（P<0.05）。结论：疾控中心进行微生物检测时，采用微滤膜分离技术能够有效提升检测效果，在控制感染率方面可发挥积极作用，故值得在临床中推广。