提高县域创新能力是区域高质量发展的本质要求,也是应对当今国际挑战的战略选择。从创新投入、创新环境、创新绩效3个方面建立县域创新能力评价指标体系,对江西省100个县域2017和2019年的创新数据进行因子分析,并进一步从产出能力、研发能力、财政投入、结构质量4个公共因子对江西省赣北、赣中、赣南三大经济区县域创新能力的地区差异进行动态比较。实证结果表明:赣北经济区相对赣中、赣南经济区的创新能力在持续增强;赣中、赣南经济区均呈减弱趋势,且赣南经济区减弱趋势较大。基于该结果,提高江西省县域创新能力可从优势建设、精准发力、精准帮扶和争先进位等方面着手。