在事业单位的管理体系中，内部控制工作占据着重要的地位。同时内部控制工作及事业单位的绩效管理工作也有着密切的联系。尤其是在内控视角下，事业单位开展预算绩效管理，能够促进事业单位提高管理的水平和效率，同时也能促进事业单位实现可持续且稳定的发展。但事业单位所开展的预算绩效管理体系仍然存在着一些问题，促使事业单位整个管理受到限制。因此本文笔者主要针对事业单位预算绩效管理体系开展分析，通过分析内控与绩效管理存在的共同点，找出事业单位预算绩效管理的问题，并有针对性地提出优化措施，希望通过笔者的分析，能够为事业单位开展预算绩效管理体系提供一些参考。