医药类高职院校发展交叉学科对提高学科建设水平和学校竞争力具有重大意义。我国大多医药类高职院校在交叉学科建设和人才培养等方面存在不少困境与障碍,培养交叉型学科人才已十分迫切。近年来,医药类高职院校制药设备应用技术专业获得了迅速发展,但是其作为一个新兴学科交叉领域,面临着一些问题和挑战。以医药类高职院校制药设备应用技术专业为例,结合重庆医药高等专科学校专业教学特色,剖析制药设备交叉学科人才培养中的课程体系、师资队伍建设、学生能力培养等方面,提出创新体制机制,推动交叉学科人才培养方案的完善。为交叉学科专业人才培养提供一定参考,旨在为我国医药类高职院校发展交叉学科和培养人才做出有益探索。