目的:探究根瘤菌对水冬瓜根皮中二次代谢产物的影响。方法:采用高效液相色谱法(HPLC)、紫外-可见分光光度法(UV-Vis),考察同株水冬瓜根皮药材根瘤菌部位与正常部位中二次代谢产物紫丁香苷与总黄酮的含量,参照《中国药典》(2015版四部)检测浸出物的含量。结果:同株水冬瓜根皮药材根瘤菌部位与正常部位二次代谢产物比较,紫丁香苷与总黄酮的平均含量分别降低为5.02倍、4.41倍。结论:共生根瘤菌对水冬瓜根皮二次代谢产物的积累及药材质量产生不利影响,极大地降低了野生药用植物资源的品质。