马克思主义社会科学方法论为思政教育提供科学的理论指导。以实践为基础的研究方法要求在大中小学一体化的真实情境下以问题意识去找寻思政教育的有机路径。社会系统研究方法中,整体性原则要求总体设计学校、家庭和社会教育的横向联动与大中小学各学段的纵向衔接;结构性原则要求教育系统内外子系统中的不同结构,按照不同的组合方式运行;层次性原则指出,不同学段要分层施治、有效衔接;开放性原则表明,思政教育不能囿于政治和文化,还要与经济、科技耦合交互,体现时代性和人文性。另外,社会矛盾研究方法分析思政教育系统层次和结构上的矛盾,根据矛盾特殊性有针对性地解决问题。