内部控制是建设工程企业管理工作的重要组成部分。本文利用2010-2015年43家基建类上市公司数据，研究了建设工程企业内部控制体系问题。研究发现，自《企业内部控制规范》颁布之后，大股东占款现象得到显著抑制，公司实施内部控制可在一定程度上强化治理结构；完善内部控制体系显著降低了大股东与中小股东代理成本冲突，对中小股东起到保护作用。建设类企业应从以下角度完善内控制度：一是健全内部控制组织架构；二是明确项目内控目标；三是把握内控管理的双项基本原则；四是加强项目资金控制。